故事发生在2017年的地球，飞鸟信（鹤野刚士 饰）的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良（齐藤理沙 饰）。 　　在由美的推荐下，信成为了SUPER GUTS中的一员，肩负起了对抗外星人保卫地球的重任。斯菲亚和岩石合体成为了拥有强大破坏力的怪兽，信和队友们和它展开了激烈的斗争，然而双方实力悬殊绝大，信陷入了岌岌可危的境地，在这千钧一发之际，信变身成为了光之巨人，战斗力陡增，瞬间结果了敌人。之后，信便以光之巨人的身份走上了伸张正义之路。

终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连K2护盾都抵挡不住了！威胁一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出现……

Ultraman Saga opens with a powerful apocalyptic vision of Tokyo, buildings destroyed and the city seemingly devoid of life. We are soon introduced to the Earth Defense Force (EDF), Team U (played by members of the female idol group AKB48). They and a group of young children and the last survivors on planet Earth after the world was invaded by the evil Alien Bat, the rest of the human population having been abducted.

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吸收怪獸鴉王出現了，在大地上肆意破壞！正在巡邏的飛鳥就變身成超人帝拿跟怪獸打起來，可是其絕招卻被怪獸的三隻角吸收掉了。像在嘲笑超人的失敗似的，怪獸與光線一起消失了。
阿響隊長之下的各隊員召開了緊急會議。推測怪獸的出現應該是與Miji星球人有關，但這卻怪錯好人了。不過，那個真正的侵略者∼機械魔女（人形機械人）卻在暗地里進行著其侵略地球的大計。終於，怪獸鴉王與能量鎖合體變成了合體侵略兵器獸溫哲。飛鳥再次變身成超人帝拿展開戰鬥，但發揮不到絕招的帝拿能否取勝？那個怪獸溫哲是否有弱點？
另一方面，羽次郎帶着侵略警告回到地球，卻被Miji星球人抓獲。得知有新侵略者搶先過他們的Miji星球人十分氣氛，最后居然向Super Gust提出要協助打敗溫哲……