在上一集中本为自己家族昭雪后，本就一直在秘密追踪着一个神秘人物，这个神秘人物与上集中在秘密记事本中出现的数字47有着密切的关系，关于这个数字的种种猜测在这一集中也得到了最终的解答，47并不是笔记页数，也不是某一届总统的家族秘史，而是代表了美国的另外一个秘密组织，与51区般同样神秘无比的 47号能源实验室……
该实验室一直致力于研究新型能源，实验室存在的时间是一个连秘密记事本中都没有记载的谜，某天实验室收集到了数颗神秘的星石，一种未知的新能源物质，在这种神秘星石的帮助下，实验室对于新能源的相关研究也因此一日千里，然而变故也因此突生！本 在笔记中所看到实际上是一个交接给新任总统的秘密任务“找出并带回被实验室出逃人员所带走的神秘星石”，任务成败关系到这种能源的应用危机，如果该星石被别有用心之人应用于武器制造，将可能会带来波及全球的毁灭性灾难。
此外，神秘星石的真相也一直困扰着本，而本又无法从政府部门得到更为确切的信息，因此，在秘密追踪出逃研究人员的同时，本也在静悄悄的进行着各种相关研究调查工作，最终，本依靠莱利等人的帮助，在复活节岛得到了一个重要的线索——“伊卡黑石”，虽然伊卡黑石本身并不是神秘的星石，但是却给本指明了方向，新能源竟然与传说中的亚特兰蒂斯文明有着千丝万缕的联系！
亚特兰蒂斯的神秘不仅仅在于它的突然消失，更在于他们对史前文明神秘能源的应用，随着本的调查的深入，他发现这一个超文明在正是因为能源系统异常爆炸的缘故，才至使巨大的亚特兰蒂斯大陆沉没，亚特兰蒂斯文明也因此陨落。然而，本也发现亚特兰蒂斯人似乎依然有迹可循，究竟逃走的神秘研究的人员是何许人也？为何他要带走全部的星石逃到复活节岛？异国的间谍份子也在暗中行动，各方人马都在集结，一切行动都在黑暗中紧锣密鼓的展开了……