背景設定在史前一萬一千五百年前，有一個名為瓦斑的大陸沈沒了。瓦斑人於是在地底建立了他們的都市，並開始在地底生活。
直到二十世紀，古代怪獸復活，加上宇宙人入侵地球，瓦斑人的長老就派遣主角·米沙基到地面世界，亦把變身用的火焰棒交給他。
米沙基把身份轉變成古生物及地質學研究生岬大介，並加入組織SAF，以火焰超人的真身，為保護地面世界而戰。

人间体乡秀树的梦想是成为一名出色的赛车手，可这个梦想在第一集中破灭了——乡秀树为了救一个为救小狗鲁莽行事的小孩而不幸被残暴的怪兽杀害。和他共事的挚友坂田（女朋友秋子的哥哥）把他们刚合作完成的赛车点燃以悼念死去的乡。
当乡又复活时所有人都感到不可思议，乡被杰克·奥特曼赋予 了新的生命。此后，他就可以变身成为杰克·奥特曼为保护地球而战斗了。杰克奥特曼是强大的奥特战士，同时也是热爱人类的宇宙英雄。