在一个人类相继觉醒"超能力"的世界里，肆意滥用这种力量、将城市推向混乱的势力层出不穷。面对这片混沌，挺身而出的是一位名叫冰川诚（要润）的警官。他虽未拥有特殊能力，却是比任何人都更坚定信仰正义、耿直而不善变通的男子汉。能力者的"失控"与无能力者的"觉悟"相互交织，人类进化与信念的激烈碰撞，在此催生出极致戏剧张力与超能力激斗的震撼之作。
半冷冻与半焚化的双重致命创伤，共同铭刻于一具遗体之上。这起超越认知极限、前所未有的"不可能犯罪"，惊动了警视厅未确认生命体对策特殊武装部队——通称G单元展开调查。然而本应肩负前线指挥重任的冰川诚，却在此关键时刻不见踪影
「我们最需要的...是冰川诚。」
命运的齿轮开始转动 与此同时，一场悄无声息的"新的进化"正悄然拉开序幕……

All the incidents occuring around the Girls Remix up to this point were part of Sumire Kurono's plan to create the ultimate Kamen Rider. Now that plan is moving into its final phase. Sumire kidnapes Nayuta Mikazuki again. After performing her final surgery, "Kamen Rider Eins" is finally born. Will the Girls Remix be able to get Nayuta back? And what will become of Nayuta, who has become Kamen Rider Eins?

之前照顾翔一的心理医生国枝东突然拜访他，与此同时，最强UNKNOWN－Beetle Lord出现，翔一变身为燃烧型态迎战。但因为燃烧型态的力量过于强劲，翔一无法自控并且袭击国枝。袭击过后的翔一十分失落，为了开解翔一，国枝道出了自己的一段过去……

「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前，G4的藍圖被盜，它的力量強大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是誰偷走G4後又製造它？不明生命體的攻擊到底來自何方？假面騎士顎門，G3-X，G4與不明生命體之間的戰爭即將開打！！

在未确认生命体4号（假面骑士空我）消灭未确认生命体（古朗基）两年后，虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久地维持下去。

世界各地，再度出现人类离奇死亡案件，这次残杀人们的凶手，似乎是拥有人类所无法匹敌力量的神秘种族。

警方称之为——未知生命体（Unknown）。

与之前的未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，未知生命体都有选择地对超能力者下手，由于无法确认超能力者，一头雾水的警方完全不知道该如何应付。

津上翔一是一个失忆的开朗少年，被美杉教授带回家，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。

但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄——假面骑士AgitΩ。每当未知生命体现身残杀人类，他便会自动感应并变身成为谜之战士。

随着暗之力的复活，未知生命体杀人的频率越来越密集，AgitΩ在不停的战斗中感应到自己的一步步进化。

就像播下的种子般，总有一天会发芽。

由人类所化身成的AgitΩ们如雨后春笋般出现了。

心急于抹杀这些AgitΩ的暗之力一面为伤害自己的孩子而痛苦着，一面更积极地命令未知生命体杀害特定的人类。

不甘心生存的希望与未来就这样被剥夺的翔一变身为更强悍的形态。

但是遭到AgitΩ与人类们抵抗的黑衣青年终于被惹恼，决定消灭掉已经不再听从他的孩子——人类，要将世界重造。

要相信人类到什么程度呢？

人类，到底有多少可能性呢？

之前照顾翔一的心理医生国枝东突然拜访他，与此同时，最强UNKNOWN－Beetle Lord出现，翔一变身为燃烧型态迎战。但因为燃烧型态的力量过于强劲，翔一无法自控并且袭击国枝。袭击过后的翔一十分失落，为了开解翔一，国枝道出了自己的一段过去……