2022年——乃是忍者活跃期间的年代。
所谓的忍术，对于该年代的人们来说，那已经是个日常，但也是个充满了新的运动竞赛方式。
平常只是作为月薪制的工薪族生活，总是展现出被妹妹称为 “废物的是只擅长忍术吧” 的让人吃惊程度地狼狈不堪的样子的青年：神藏莲太郎，他的另一个身份是与暗之忍者军团·虹蛇相战斗的传说的忍者·假面骑士Shinobi。
这是一个暗中保护他人，斩除堕落者的年轻忍者故事。座右铭为——“忍字意为斩刃之心！”

One day, a woman named Chiyome Hesogakure with a child named Chinzō visits the Nohara family and claims that she is the real mother of Shinnosuke and takes him away to a Ninja Village. In the Ninja Village, the Hesogakure family has been protecting "the earth's navel" by blocking it with a pure gold stopper using the "Mononoke technique" that has been passed down from generation. If it comes off, the earth will wither, the rotation will stop, and the "tomorrow" of the world will be lost! It is up to Shinnosuke to reveal the mystery of his birth and protect the future of the earth and the "tomorrow" of his family.

忍者は、存在しない。…と、我々は思っている。
仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に晒すことはない。
だからこそ、忍者は『表向きには』存在しないのだ。
主人公、櫻羽一時は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。
彼には普通の、幸せで輝かしい日々が約束されている…はずだった。
ある日、一時は命を狙われ、それが甲賀忍者の仕業であると聞かされる。
なぜ一時は命を狙われたのか？それは…彼が由緒正しき、伊賀忍者第１９代正当後継者だったからなのだ！
伊賀と甲賀は長年対立しており、甲賀は伊賀を侵略しようとしている。
一時が生きるためには…自らも忍者になるしかない！
こうして、誰も知らない忍者の世界に身を投じる一時。
一人前の忍者となるべく学び、戦い、苦難に立ち向かう。
だがそれは、一時が辿る過酷な運命の、ほんの序章でしかなかった…。