十年前，几乎毁灭世界的大灾难中，卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救，成为其养子。
十年后，士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”，而每日不停的进行魔术锻炼。
偶然的一天，士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”，胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是，七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。
卫宫士郎深知，十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的，为了避免悲剧再次发生，他与自己的“英灵”Sabar一起，投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。

In 1926, Newt Scamander arrives at the Magical Congress of the United States of America with a magically expanded briefcase, which houses a number of dangerous creatures and their habitats. When the creatures escape from the briefcase, it sends the American wizarding authorities after Newt, and threatens to strain even further the state of magical and non-magical relations.