恐怖分子在一间教堂里散播病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。同样的噩运即将降临日本，日本警视厅严阵以待，并请18岁的天才黑客高木藤丸（三浦春马 Haruma Miura 饰）协助参与其中。藤丸的父亲也是警察，原本负责这起案件，后因卷入误杀事件而被通缉。恐怖组织的折原麻弥（吉濑美智子 Michiko Kichise 饰）以生物老师的身份进入到藤丸所在的高中，并监视着藤丸。为了保护妹妹小遥生命安全，藤丸不得已答应了恐怖组织的要求盗取发电厂管理员密码给对方。在百货公司里，致命的bloody—x病毒怀疑被小丑散播，警视厅出动所有人力，为求保住东京市，差点让所有人命丧当地。幸好藤丸及时发现病毒是假的，虚惊一场。但当所有人都暂时放下心来时，恐怖组织已经开始踏出真正的第一步。
Bloody Monday，是所有死去的人最后说出的话，也是最大的秘密与阴谋。

西元2030年，一个以分析青少年精神构造为宗旨，被取名「CYP」的国家计划开始了。
这个计划是从全国随机选出儿童， 在他们5岁时，植入特殊的电子仪器於心脏内，等到10岁后，就会被送到一个被称为「中心」的设施中隔离，一进到 「中心」就会交给孩子们一个“开关”并且告诉他们：「只要按下这个开关，你的心脏就会停止跳动。」
突然之间，这些孩子被迫面对压倒性的绝望以及恐惧……无法逃脱的事实，逐渐侵蚀著孩子们的心。据说即使能撑下去的人，最多也只有2年，便会按下开关……

Breathe In, Breathe Out centers on six, later seven, individuals who have gotten jobs harvesting sugarcane on a small Okinawa island. Each worker has their own unique personality as well as their own issues as they learn to work together...