《新神奇传说3》是日本TGL公司脍炙人口的正宗RPG/SLG游戏。游戏耗费巨资搬出了强大的制作群为后盾，原画方面请到了《剑芒罗曼史》、《YU-NO》闻名的Mario金田老师担纲人物设定，并为本作绘制许多美丽的CG。剧情由“久远之绊”、“风雨来记”的小林且典老师担任。而音乐方面除了众所周知的市尾贤治老师负责BGM之外，更请到了美少女游戏界最抢手的I‘ve Sound来制作主题曲"Wing My Way“，演唱者更是超有名的那位KOTOKO！

Each year, three brothers Samuel, Jeffrey and Michael Douglas visits their Japanese grandfather, Mori Shintaro whom the boys affectionately refer to as Grandpa, for the summer. Mori is a highly skilled in the fields of Martial arts and Ninjutsu, and for years he has trained the boys in his techniques. After an organized crime ring proves to be too much for the FBI, it's time for the 3 brother NINJAS! To use their martial arts skills, they team up to battle the crime ring and outwit some very persistent kidnappers!

每天无忧无虑的小老鼠生活在像花园一样的火星上，到处长满了各种棒棒糖和冰淇淋，它每天早晨起来在大树前晒晒太阳饿了就吃棒棒糖，困了就睡上一觉快快乐乐的生活着。这天，小蜜蜂给它送来了一面镜子，正当它在镜子前照来照去的时候，从镜子里出来了好多小老鼠，它高兴的又蹦又跳。小老鼠们依偎在大树旁幸福的吃着各种棒棒糖，吃饱后它们跳着欢快的舞，唱着欢乐的歌高兴极了，天渐渐黑了小老鼠睡着了，其他的小老鼠们都回到镜子里去了，小蜜蜂把镜子拿走了。小老鼠明天醒来后还会有哪些惊喜在等着他呢？

1895年，一对男女神童降世。两个孩子在同一时辰出生在上海西城某家医院，他们的母亲在产后离开了人间。皇太后因得知天命神童能解救天下贫苦的百姓，便下令在他们出世后立即除掉。尚蔲为了保护天命神童的安全，安排法国人马丁将他们带去法国，并将他们抚养长大。皇太后又派忠臣普顿前往法国追杀这对神童，因这对神童相握手时，会产生无穷的魔力，双方于是展开了激烈的斗争，天命神童战胜了邪恶势力并最终返回到中国；通过更换父亲的碑文，救活了他们自己的父亲。随后天命神童便丧失了魔力成为了两名普通的孩子，并开始了新的生活。

七岁的玛雅（金井美香 配音）非常调皮，这让玛雅的妈妈（麻上洋子 配音）感到十分头痛，于是，她找到了村里有名的魔法师，向他讨教良方。魔法师给了玛雅的妈妈一本名为《拇指姑娘》的故事书，在给玛雅念这本书时，玛雅的妈妈睡着了，玛雅也因此变成了拇指大小，进入了书中的世界。
在这里，玛雅遇见了名为席拉（宗形智子 配音）的善良仙女，席拉告诉玛雅，在南国住着一位水晶王子，只有他才能唤醒玛雅的妈妈，使玛雅回到原来的世界。就这样，玛雅踏上了前往南国的旅途。途中，玛雅遇见了小精灵布尔（山田恭子 配音），两人结伴而行，随后，青蛙盖洛达也加入了玛雅的队伍中去，对他们时时阻挠的，是一个名叫赫鲁拉（麻上洋子 配音）的邪恶魔鬼。

表面看来，江藤兰世（原荣里子 配音）只是一个普普通通的女孩子，可实际上，她出生在一个不得了的家庭之中。兰世的父亲望里（安原义人 配音）是一名吸血鬼，而母亲椎罗（小原乃梨子 配音）拥有着狼人的血统，这也就意味着，兰世既有可能继承父亲的血统成为一名吸血鬼，也可能成为狼女。只是血统的差异至今还没有在兰世的身上显现出来。
兰世终于能够上学啦，在学校里，兰世遇见了名为真壁俊（水岛裕 配音）的男生，情窦初开的她瞬间坠入了情网。哪知道同班女生神谷曜子（富永美衣奈 配音）也一直暗恋着真壁俊，两个女生之间产生了激烈的竞争，兰世的特异能力亦在矛盾之中被激发了出来。

顽皮的原始人--小刚随父母在野外生活，一个偶然的机会，他和可爱的大猩猩成了形影不离的好朋友。为了使小刚成为真正的原始人，一家人历经磨难，他们于北极历险、与凶猛的长毛象展开撕杀、遭遇飞碟、感受地狱之旅、拯救美人鱼……。同时，一家人也曾尝试农耕生活，甚至搬到了天上，但最终还是觉得原始生活最适合他们。在森林勇士大猩猩的帮助下魔难被一一战胜，顽皮的小刚也成长为一名真正的"山林小猎人"并得到了可爱的阿波的青睐

尼路路星球人美儿（渡边菜生子 配音）和爷爷他们乘坐的太空船发生故障，落到了阿尔卑斯山脚下的一个小岛上，从此留下来生活。尼路路星球人把高档猫当成敌人，每天都在训练防止受到侵犯。活泼善良的美儿每天除了训练外，还和小鸟们玩耍每天都非常快乐。后来美儿和小伙伴们外出玩时，看到了一座漂亮的大房子里因哮喘病发作刚刚死去的玛利亚（安田亚希江 配音），美儿眼泪滴到了玛利亚的脸上救活了她（尼路路星球人少女的眼泪是生命之泉），从此成了好朋友。玛利亚从小就体弱多病，两岁时母亲去世，父亲工作太忙经常不在家，只有潘妮老师在家陪她，使她变得越来越孤独忧伤，活泼开朗的美儿的出现，会使玛利亚今后的生活发生哪些惊奇变化呢？