该片主要讲了超星特工猪猪侠在上次的任务中留下了后遗症，但他坚持独自潜入海底世界执行新任务。在五彩缤纷的海底世界见识到各种各样的海底生物，结识了正在寻找哥哥的小豆芽，受小豆芽勇敢执着的精神所打动，猪猪侠决定帮助小豆芽，帮他一起寻找哥哥。原来海洋世界发生了一件不为人知的大事，导致大量海洋“居民”失踪。的故事。