由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”……因各种原因失去归所的少女们被交付的是，枪与实弹。使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。她们每天都以SORD成员的身份，处理警察及自卫队无法解决的事件，不断进行着危险的活动。 K县U港——。准备入国的重要人士突然消失了。SORD成员开始调查失踪事件，但每当即将捕获消失的“行李”时，就会在还差一点的时候被其逃脱。与姊妹校“京船樱丘”的SORD成员双子姐妹并肩作战，以及争执。以及——在夜晚的城镇中疾奔的神秘女骑手“Soul Speed”·真纪的传闻——。追踪最终转变成壮烈的死战，将身心一并撕裂。 ……但这同时还是，通往玲奈她们相遇之前的过去的旅程。

风见雄二，救赎了美滨学园的五个少女的心灵。 但他的内心，依然阴云密布，难以解脱。 当雄二回顾自己一路走来的日子时， 是什么养育了自己，塑造了自己？ 在与种种事物的邂逅之中，得到了什么，又失去了什么？ 当度过这段无比黑暗，却又无可替代的时间之后， 雄二终将面对内心深处暗藏的，黑暗的真面目。