这是一个忍者依旧活跃在舞台上的世界。然而和过去不同，如今的忍者多为富翁和政治家效力，帮助他们干一些见不得人的勾当，这样失去了信仰的忍者被称为“恶忍”。为了对抗日益壮大的恶忍势力，政府建立了半藏学院，将那里作为培养“善忍”的地方。 天真活泼的焰（喜多村英梨 配音）、出身贫困却有着格外坚韧的意志的咏（芽野爱衣 配音）、沉默寡言丝毫不表露任何感情的日影（白石凉子 配音）、看上去像个小孩其实对自己身材十分在意的未来（后藤沙绪里 配音）、腹黑狡猾但实际上充满了母性光辉的春花（丰口惠美 配音），在学校里，这五名少女相遇了。

高中生水原诚因为设计了一个实验而被带进了一个叫欧巴查顿的异世界，认识了正备受由昆虫领导的白古龙国(Bagurom)威胁的洛斯坦尼亚王国(Roshtaria)的君主——露宜公主。同时被带到异世界的还有他的老师藤泽真理和朋友阵内克彦、阵内菜菜美两兄妹。为了找寻回到原来世界的方法，水原诚等人走访了三位大神官——水神官美津、风神官艾菲娜和火神官些娜，希望他们能协助他们返回原来的世界，但最终亦无功而还。在这个时候，水原诚和露宜公主的关系亦渐渐进展中；同一时间，由阵内克彦领军的白古龙兵则策划著如何占领欧巴查顿这片大地……