第二季故事将紧接前作结局展开，以自卫队直辖的非公开组织「别班」为核心，描绘了公安、国际恐怖行动与家族羁绊。

在丸菱商事负责能源事业的乃木优助为找到误汇出的一亿美元，前往中亚的巴尔卡共和国。在追踪一亿美元的过程中乃木被遗弃在沙漠中，虽然得到了阿迪尔和杰敏父女的帮助，却卷入爆炸事件，被送进医院。他和公安部外事第四课的野崎守、医生柚木薰逃出医院，但巴尔卡的警察成吉思却执着地追捕着乃木。