之前照顾翔一的心理医生国枝东突然拜访他，与此同时，最强UNKNOWN－Beetle Lord出现，翔一变身为燃烧型态迎战。但因为燃烧型态的力量过于强劲，翔一无法自控并且袭击国枝。袭击过后的翔一十分失落，为了开解翔一，国枝道出了自己的一段过去……

在未确认生命体4号（假面骑士空我）消灭未确认生命体（古朗基）两年后，虽然未确认生命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久地维持下去。

世界各地，再度出现人类离奇死亡案件，这次残杀人们的凶手，似乎是拥有人类所无法匹敌力量的神秘种族。

警方称之为——未知生命体（Unknown）。

与之前的未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，未知生命体都有选择地对超能力者下手，由于无法确认超能力者，一头雾水的警方完全不知道该如何应付。

津上翔一是一个失忆的开朗少年，被美杉教授带回家，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。

但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄——假面骑士AgitΩ。每当未知生命体现身残杀人类，他便会自动感应并变身成为谜之战士。

随着暗之力的复活，未知生命体杀人的频率越来越密集，AgitΩ在不停的战斗中感应到自己的一步步进化。

就像播下的种子般，总有一天会发芽。

由人类所化身成的AgitΩ们如雨后春笋般出现了。

心急于抹杀这些AgitΩ的暗之力一面为伤害自己的孩子而痛苦着，一面更积极地命令未知生命体杀害特定的人类。

不甘心生存的希望与未来就这样被剥夺的翔一变身为更强悍的形态。

但是遭到AgitΩ与人类们抵抗的黑衣青年终于被惹恼，决定消灭掉已经不再听从他的孩子——人类，要将世界重造。

要相信人类到什么程度呢？

人类，到底有多少可能性呢？

《帕拉图之链》(Platonic Chain) 本作把不久后未来的涩谷作为舞台，描绘了一个叫做“帕拉图之链”的神秘地方，以及被这个地方所吸引的少女们的故事。原作曾在日本著名游戏杂志《Fami 通》上连载，动画化之后，运用了时下最流行的“Motion Capture”技术拍摄而成。曾在世界CG动画展示盛会[SIGGRAPH2001]上放映，并在欧洲最大的数字电影展[IMAGINA2002]的竞赛单元里得到好评。由于运用了全3DCG来表现少女们的动作，千叶和野中两位声优有机会亲自体验motion capture技术参与拍摄。这部分的内容被做成一个[motion capture版]的经过浓缩的小故事，作为DVD的映像特典呈现给大家。

「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前，G4的藍圖被盜，它的力量強大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是誰偷走G4後又製造它？不明生命體的攻擊到底來自何方？假面騎士顎門，G3-X，G4與不明生命體之間的戰爭即將開打！！

电视君被Unknown盯上，于是想请假面骑士做保镖，但由于骑士有三个，所以他把三人都请来，以选出最强的一位……

假面骑士空我离去后两年，一件远古装置被巨浪冲上冲绳孤岛海岸。与此同时，由不可思议生命体造成的离奇的不可能杀人事件突然接连发生。

警视厅称这些不可能杀人事件的犯人为“不明生命体”（Unknown）。另一方面，警视厅组成了“不明生命体对策班”（SAUL：Squad of Anti Unidentified Lifeforms），专责调查Unknown所犯下的离奇杀人事件。

甫分发到SAUL的年轻刑警，冰川诚。与身受濒死重伤后，对自己身上发生的变化感到恐惧的大学生，苇原凉。以及失去记忆，却能凭借本能前往击倒Unknown的青年，津上翔一。故事就从这三人的命运相互交错之中展开了。

之前照顾翔一的心理医生国枝东突然拜访他，与此同时，最强UNKNOWN－Beetle Lord出现，翔一变身为燃烧型态迎战。但因为燃烧型态的力量过于强劲，翔一无法自控并且袭击国枝。袭击过后的翔一十分失落，为了开解翔一，国枝道出了自己的一段过去……