新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパは，欺骗猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之开了东京湾有了的封印的门。注视了祖先世世代代封印的门的血统的少女鹤姫决定与去除了封印的佐助与才藏，三好入道清海的子孙清海，并且从美国来的见雷也的子孙见雷也的4人一起，同500年前的祖先同样进行妖怪封印。一边经营绉纱衬衣铺，一边持续妖怪封印的旅行。

VS系列

郊外の岡の上に建つかわいい新築の家、そこには由美子と茂の姉弟が住んでいた。両親は忙しくて不在がちだったが、子供たちは明るく過ごしていた。そして二人はとても仲良しだった。そんな二人の前に突然奇妙なノッポとちびが現れて、父親がお守りにと買ってきた人形を捨てないと、一家に災いが降りかかるというのだ。それ以来、二人に襲いかかる数々の恐ろしい現象。実は二人の正体は大入道の手先、一つ目小僧だった。大入道は家を自分のおもちゃにしようと狙っていたが、人形のお守りのせいで手出しができないでいたのだった。姉弟を化け物から守るために、忍者戦隊カクレンジャーは立ち上がった。（Ｃ）東映

ある場所で記念撮影をしていたマサトとユカ。その時、空から巨大な怪人が現れた。地球を支配しようと企む悪の帝王ダイダスだ。ダイダスは額の第3の目からザイガン・バンゴ・ダマルを召喚し、マサトとユカを襲う。シャーク号でパトロールしていた忍者戦隊カクレンジャーは直ちに急行、ザイガンたちと戦うが、やがて現れたゾガー・イルバルにマサトとユカを拉致されて戦えない。とその時、地球戦隊ファイブマン・鳥人戦隊ジェットマン・恐竜戦隊ジュウレンジャー・五星戦隊ダイレンジャーの4大戦隊が現れた。早速忍者戦隊は4戦隊と合流し、怪人軍団や戦闘員軍団と決戦、そしてハウリングキャノンとカクレンジャーボールで軍団を全滅させた。
怒ったダイダスは5戦隊の前に立ちはだかる。負けじと各戦隊も、無敵将軍・大連王・大獣神・ジェットイカロス・ファイブロボを出撃させて戦うが、ダイダスは5大巨大ロボ相手にもびくともしない。だがその様子を見ていたマサトはダイダスの第3の目を思い出し、そのことを各戦隊に伝える。それを知った各巨大ロボは次々と第3の目を攻撃し、最後は無敵将軍の「火炎将軍剣」が第3の目に炸裂、ダイダスは爆発四散して果てた。5大戦隊の大勝利だ。