正邪不能两立，光明与黑暗永远敌对。远古时期，正义的魔弹战士们为了世界的和平，早已开始和邪恶的魔物对抗，在双方实力平分秋色之下，魔弹战士失去了能量，而魔物的大魔王幽缘魔魂则化成原始的卵。那个邪恶的卵经过了几个世纪仍旧孕酿着复仇的杀机，新一代的魔弹战士将继承先人的遗志，继续为人类的和平奋斗。

四个无所事事的青年男女驱车来到野外的废弃建筑，途中他们各自讲述了真实发生的灵异事件。
《通往树林的邀请》：高中女生惠理奈的男油在树林中上吊自杀，她和朋友前去祭拜，却跟随着阴冷的召唤声走入森林，见到极其恐怖的一幕；《地下停车场的过去》：一个女人在停车场停车时，发现车旁站着一个低着头的阴郁男孩，此后她遇到了诸多恐怖的事情；《鬼屋之女》一对男女钻进鬼屋探险，男人突然被一只手狠狠地拍了一掌，肩膀留下血红的手印，而厄运也从此如影随形；《消失的右脚》：女孩从照相馆取出相片，却发现相片中自己的右脚消失不见了……

2002年秋、北朝鮮による拉致事件で反朝鮮感情が蔓延する中、チマチョゴリを着た在日朝鮮人の女子高生が、チンピラに殺害される事件が発生した。その殺害現場に偶然居合わせ、恐怖から見て見ぬふりをしてしまった気弱な日本人高校生。彼は後日、殺害された女子高生の妹である孤独で勝ち気な少女に出会う。彼女は悲しみと屈辱にまみれ、腐りきった社会への怒りを押さえられずにいた。そんな彼女に共感し、少年もまた、自らの中に抱えた激しい怒りの感情に気づく。やがて、第二次大戦から残された毒ガスの瓶を発見した2人は、その毒ガスをリュックに詰め込むと、自転車に乗り、ある目的を果たすための旅に出るのだった…。

曙光市，一个跟大部分城镇一样的城市，却因为不明原因被魔物军团邪碍者所盯上。在魔物一向如常的在曙光市商店街破坏时，新任刑警鸣神剑二遇上了一个把魔物击退的魔弹战士 龙枪王，并从商店街的居民口中得知关于其魔物以及负责对付他们的组织SHOT的存在。接着在商店街出现了一头强力的巨大魔物，而在因勇气推动而和这魔物对抗的剑二面前，击龙剑从天而降，并选上剑二，让他成为魔弹剑士-龙剑道击败魔物。自此以后，剑二以及SHOT成员共同对抗邪碍者的故事便展开了。