小忍是私立忍者学园女忍学科的女学生。忍者学园是一所专门培养忍者的秘密学校，禁止外部人员进出。
小忍在这里以成为出色的正义忍者为目标，日以继夜的修炼，但是对于到底什么是忍者还并不了解。某天，小忍参加了测试忍者实力的考试。从众多的题目中，小忍抽到了偷取女子高中生内衣的挑战。于是，小忍
进入了不知火枫的房间。从那天起，小忍就变得非常喜欢枫，一幕轻松有趣的忍者喜剧上演了…

　　小忍是私立忍者学园女忍学科的女学生。忍者学园是一所专门培养忍者的秘密学校，禁止外部人员进出。

　　小忍在这里以成为出色的正义忍者为目标，日以继夜的修炼，但是对于到底什么是忍者还并不了解。某天，小忍参加了测试忍者实力的考试。从众多的题目中，小忍抽到了偷取女子高中生内衣的挑战。于是，小忍

　　进入了不知火枫的房间。从那天起，小忍就变得非常喜欢枫，一幕轻松有趣的忍者喜剧上演了…

公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。