莉娜（娜塔莉·波特曼 Natalie Portman 饰）除了工作就是整天想着自己的丈夫凯恩（奥斯卡·伊萨克 Oscar Isaac 饰），因为凯恩在执行任务中已失踪了一年。没有想到凯恩一年后从一个高度机密的军事任务中回来后，莉娜高兴坏了，不过她很快发现，丈夫连简单的问题都不能回答了，生命也出现了危险，在去医院的路上，她们被一个军事小组拦下。当莉娜醒来之后，发现和文崔斯博士（詹妮弗·杰森·李 Jennifer Jason Leigh 饰）在一起，文崔斯告诉她，一种神秘的能量从黑水国家公园里传出，被称为微光。三年前一次无法解释的光脉冲导致了微光，并且它正在缓慢扩散。但是关于微光起源的更广阔的真相和本质是什么，仍不得而知。莉娜志愿和其他三名专家队员——乔西（泰莎·汤普森 Tessa Thompson 饰）、安雅（吉娜·罗德里格兹 Gina Rodriguez 饰）、卡斯·谢泼德（图娃·诺沃妮 Tuva Novotny 饰）一起，跟随文崔斯博士的脚步，去往那个被限禁的区域，搞明白之前消失的队员都遭遇了什么，以及微光对于人类来说意味着什么。

亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。

一只小林地生物（迈克尔·B·乔丹 配音）和一只雄伟的鸟（朱诺·坦普尔 配音）——山谷里天生的死敌——突然互换身体，必须合作（同时穿着彼此的羽毛和毛皮）才能度过他们生命中最狂野的冒险。

杰克·莱恩因一次国际秘密任务意外揭露了一个致命的阴谋，被迫重返谍报世界。他与中情局的战友迈克·诺文柏、詹姆斯·格里尔以及干练的军情六处特工艾玛·马洛争分夺秒，共同对抗一支失控的黑衣行动部队，这场较量不仅危机四伏，更与他个人息息相关。