恐怖分子在一间教堂里散播病毒，导致俄罗斯东部一座城市完全消失。同样的噩运即将降临日本，日本警视厅严阵以待，并请18岁的天才黑客高木藤丸（三浦春马 Haruma Miura 饰）协助参与其中。藤丸的父亲也是警察，原本负责这起案件，后因卷入误杀事件而被通缉。恐怖组织的折原麻弥（吉濑美智子 Michiko Kichise 饰）以生物老师的身份进入到藤丸所在的高中，并监视着藤丸。为了保护妹妹小遥生命安全，藤丸不得已答应了恐怖组织的要求盗取发电厂管理员密码给对方。在百货公司里，致命的bloody—x病毒怀疑被小丑散播，警视厅出动所有人力，为求保住东京市，差点让所有人命丧当地。幸好藤丸及时发现病毒是假的，虚惊一场。但当所有人都暂时放下心来时，恐怖组织已经开始踏出真正的第一步。
Bloody Monday，是所有死去的人最后说出的话，也是最大的秘密与阴谋。

午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事……
《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。