Denizens of Lux have come to call it "The City" and treat it as a sentient force. Three factions vie for control of the city: the Organo, a strictly professional conglomerate with ties to the criminal underworld in the prosthetics business; the Union, a fanatical populist group interfering with Organo's affairs; and Racan, a marauding group of Texhnolyzed youths.

"名字被写在这个笔记本上的人会死"
死神琉可拥有这样的死神笔记本，却将它遗失在人间。天才高中生夜神月捡到这本笔记本，本以为是恶作剧的他，在笔记本上写下了电视中播放的罪犯的名字，确认了笔记本能力的真实性。厌倦腐朽世界的夜神月使用笔记本的力量，开始杀死犯罪者，以此希望建立一个没有犯罪的美好理想世界，而自己成为“新世界的神”。
连续罪犯死亡事件，吸引了全世界警察的目光，更吸引了世界第一名侦探L的注意，L能否将被崇拜者称为“基拉”的夜神月逮捕？
一本死神的笔记本，拉开了天才与天才之间卓越巅峰的头脑战争的序幕。本已对人间失去兴趣的琉可，在旁观惊心动魄的斗智过程中感叹“人类，真有趣。”

故事背景是在202X年，那个时候的科技已经到达了一个新高度，普通的笔记本电脑已经满足不了时代的需求。在儿童中间流行的是号称“电脑眼镜”的新科技产品。通过镜片可以获得电脑、电话般的功能，轻便的物体也在大人中间开始流行。六年级的小此木优子（折笠富美子 配音）因为父亲工作的调动，进入到大黑市的小学就读。和她一起来的还有她的妹妹晶子（矢岛晶子 配音）和宠物狗佐助。
在学校里，她先后认识了文惠（小岛幸子 配音）、和她名字同音的勇子（桑岛法子 配音）、原贤（朴璐美 配音）等人，后来优子又加入到了学校的电脑侦探局。看似平常的电脑眼镜背后却暗藏玄机，侦探局的一行人开始了和科技的大作战。