露西生来就与常人有异，她头上长着两个犄角，生有四只隐形的手，体内蕴藏着巨大的力量，人们管她这样的孩子叫作异种人。从小就被人抛弃排挤的露西一直非常孤独，直到她遇到浩太才渡过了非常愉快的几天。然而随着体内载体的呼唤，她渐渐还是显露出杀人魔的本性，并被研究所拘捕监禁。八年后，露西从研究所里逃出来，却由于脑部重创失忆，成为“白痴少女”。此时的浩太也由于儿时的重大打击选择性失忆，两人再次相遇，浩太把露西当作陌生人收留下来。穿插着两人断断续续的回忆，故事渐渐走向了两个极端。

故事叙述了娜娜做家务做不好，到她厌烦做家务事，中间发生了一些事，从这些事情后，让她改变了对家务事的看法，同时也改变了对妮悠的看法。穿插讲述了Lucy和绘画少女的故事，让Lucy如何被抓以及坏掉的原因得以真相大白。

头部两侧各有类似猫耳的角，被称为二觭人（ディクロニウス）的女性变异人(新人类或超能力者)，因为具有毁灭人类的力量，位于日本神奈川县镰仓市外海的离岛上的国立生态研究所，便机密地将这些女孩隔离起来并加以研究。
某日，研究所内发生了重大的意外事故。原本被隔离的二觭人少女-露西，因为不明人士的暗中帮忙，得以突破拘束装置，并分尸了所内23位武装警卫[4]，连研究所室长-藏间的女秘书-如月都惨遭杀害。虽然狙击手以穿甲弹瞄准她的头部开枪，却仅击破其铁头盔；露西虽然头部受伤流血并坠入海中，仍得以幸存并成功逃亡。
事件发生的次日，为了读大学而前往镰仓找亲戚帮忙的青年-耕太，和年幼玩伴的堂妹-由香久别重逢。相偕出游至充满回忆的海滨，碰上了因头部受伤故造成另一个人格取而代之的露西；她只会发出“にゅう”的声音，因此被取名为妮悠（Nyu）。妮悠对于自己是使人类灭亡的存在一事完全无知，耕太和由香两人便决定带到他们居住处的“枫庄”暂时定居下来。
此时，研究所出动了SAT（特殊突击部队）欲猎杀逃走的露西，SAT的队员-坂东在海岸边发现了人格转换的妮悠。原本任务即将成功，却因为妮悠恢复了露西的人格，与坂东同行的队员全数遭杀害，仅存战败后身受重伤（失去右臂与双眼）的坂东一人。誓言对露西复仇的他，借由研究所的科学技术重新复活，后来逃出研究所、脱离SAT并回到镰仓，不择手段地搜寻露西的下落。
隔天，妮悠在清扫走廊时不小心跌倒撞倒头部，受到冲击而在枫庄恢复了露西的人格。当她正打算杀死耕太时，脑中突然浮现一个少年拼死命叫她住手的画面，因此放弃杀掉耕太的念头。其实那个少年就是8年前的耕太。
随后，在研究所同样身为变异人的少女娜娜找上了露西，准备将她带回研究所，两人谈判破裂后展开了战斗。对战的结果，娜娜的双手与双脚惨遭截断而失败，不过她成功将露西的“手”能力暂时封印（在施展“手”的脑部重要器官上给予一些损害）。
到了后来，离家出走的少女真由、被抛弃的小狗汪太，以及本应该被处死但被蔵间室长从研究所放出来的娜娜，大家都因为耕太的接纳而纷纷来到枫庄居住下来。接纳了素昧平生的女孩以及个性温顺的变异人少女，发生在枫庄的奇妙同居生活就这样展开了。
在真由、汪太和娜娜加入枫庄之前，耕太曾因为大学里的角泽教授的一番话所压迫，不得已将妮悠交由角泽教授处理；但耕太无论如何无法接受妮悠被带走的事实，稍后返回大学欲和教授交涉。接着，在地下室的研究室中，耕太和研究助手荒川一起发现角泽教授被惨杀的尸体，并且被荒川交代要当作没遇到这件事情。耕太精神恍惚地离开研究室，而当时妮悠已经不知去向（后来是在神社的台阶处找到妮悠）。
藏间室长帮助娜娜逃离的单独行动被知道后，角泽长官将所有变异人中被称为最强的年幼女孩，其真实身份为藏间室长亲生女儿的真理子给解放，准备出动她对抗露西，并借此做为对藏间室长的背叛行为的惩罚。
耕太在和妮悠、娜娜等变异人少女的相处下，原本封印起来的那段发生在8年前的镰仓的悲惨事件，开始逐渐回忆起来。而极欲捕捉露西的角泽长官，以及欲找露西报复的坂东，这些势力的行动正慢慢地让枫庄原本平稳的生活遭到破坏……
在没有任何背景知识和没有“剧情透露”的情况下观赏本作，会认为这是个集合怪异风格、耍萌、性爱、暴力、血腥等特性，感觉混沌不清的作品，这是多数人很容易有的想法。
关于漫画的部分，在初期发表时被读者给予“构图和设计稍嫌拙劣”的印象，因为听到此风评而先入为主讨厌本作风格的倾向也是存在的。然而，因为获得许多支持者“只要读过一次就会改观并且深陷其中”的评价，使得本作品具备了独特的自我魅力。举出一个例子，明明似乎是一个地位相当重要的角色，却在刚翻到下一页后，发现该角色瞬间被杀死了… 像这类的剧情发展在故事中可谓大量存在，而之后的发展无论是好是坏，都由一些完全无法理解的事情来展现出来。（作者和当时负责监督的编辑，对于讨论故事发展的协商动作是全盘皆无的，仅是判断每周新出的连载篇名是否有趣而已，这被认为是其中一个原因。）
虽然并不怎么被谈论到，不过动画版在音效方面的表现也是十分讲究，而且堪称煞费苦心。特别是于残酷虐杀场景中所使用的，像是骨头碎裂的声音和肉体被切断的声音，这些声音结合起来所呈现的音效，对于本作拥有的特异风格而言，在效果上起了加分作用（本作的音效在动画版‘血战’（BLOOD+）与‘暮蝉悲鸣时’（ひぐらしのなく顷に）中有疑似被利用的现象）。
无论漫画原著或者动画版，同样都是以日本神奈川县的镰仓市为中心点来设定故事舞台。尤其是动画版，和监督神户守的另一部动画作品‘彗星公主’[1]（此作品同样以镰仓市做为故事背景）相较，一般认为大致上有相同的“场景搜索”表现[2]，镰仓市内实际存在的神社、海岸、江之岛电铁等场景，都在作品当中登场。
在周刊少年Jump的结尾评论中，从“因为太贫穷而买不起电视…”（极贫でテレビが买えません…）、“一个人在马达加斯加…”（一人でマダガスカル…）之类的谦虚评论可看到的人物像中，另外特别是在网络上的主要支持者之间，不管作者是男儿身这件事，大家都以“小阿伦”（伦たん）来亲切地称呼他。“本漫画不只是剧中的角色，连作者本身都很萌。”因为这样的评论，而让本作得到许多人气度。
知名漫画家冨樫义博也是本作品的影迷，这件事是经由其妻子武内直子而得知的，有传言指出，这对于冨樫在‘HUNTER X HUNTER’的NGL篇的创作上造成了相当巨大的影响力。
本作品在日本当地是属于知名度不高，只有少部分人非常清楚的作品[3]（知道的就知道，不知道的就不知道）；然而在海外地区，本作的特异风格和女主角的强大力量广泛受到欢迎，具有非常高的人气度。
在2004年的“AnimeReactor Community Awards”当中，本作品获得 最佳OP/ED组合、最佳剧本、最佳惊悚片(神秘+恐怖)、最佳影迷服务 等数项荣誉，而女主角露西也荣获最佳女性角色奖。此外，2007年在美国纽约Comic-Con(初回)的“American Anime Awards”当中，本作品也获得“最佳短篇系列”的提名（总共有5个作品被提名，但本作最后并没有得奖）。
本作有一个特色，即完整全名有被交代的角色极端稀少，关于这件事，作者有提到这是为了对《亚基拉》致敬

突發性的事故造成了凶暴的新人類──變異體少女•露西從研究機構逃脫!!在過程中，露西因受傷而喪失了記憶，在海岸邊遇到了耕太和由香，耕太收留了露西，並將之命名為「Nyu」。人間凶器露西和喪失記憶的Nyu， 如同雙重人格般輪流出現，耕太兩人將會有什麼危險…?

耕太和由香收留了「Nyu」，兩人之間卻為了她起了微妙的變化。喪失兒時記憶的耕太，一直以為父親是死於交通事故，但其真正的原因卻是因為悲慘的過往事件，這也是耕太喪失記憶的主要原因。另一方面，和Nyu戰鬥後殘活的坂東被藏間告知必須動去勢手術……?

敗給Nyu而被感染的坂東被藏間命令接受去勢手術，他為了不要接受手術，轉而求助於二觭人的研究專家•角沢教授。兩人做了條件交換，坂東因而不必動手術。另一方面，有修角沢教授的課的耕太和由香帶著Nyu一起去上課，結果被角沢教授發現了Nyu就是露西，為了實現他的野心，Nyu將會遭遇什麼危險？

發現角沢教授屍體的耕太發現他的頭上也長有跟Nyu一樣的角，不過在現場並沒有發現Nyu的蹤影。為了尋找不見的Nyu，耕太和由香兩人出外尋找，也因為躲雨而確認彼此的心情。殺了角沢教授後逃離研究室的Nyu因為麻醉劑的緣故，開始回想起過去。沒想到，她的過去竟和耕太有關…?

回想起過去的露西原本打算離開耕太的身邊，但耕太的溫柔讓她再度回到楓莊生活，不過此時她已恢復成Nyu了。另一方面，角沢長官發出命令，要藏間將娜娜處理掉，但藏間不忍殺掉她而秘密幫助她離開研究設施。接下來，她將會有什麼遭遇…？

為了抓回露西，研究所的長官下令派出最強的變異體人•35號!!沒想到35號竟是藏間應該已經殺掉的親生女兒•真理子，這是怎麼回事？娜娜在揍了Nyu之後，耕太還是收留了她；她在感受到35號的氣息後，雖不知對方的來意，但為了不要連累耕太一行人，而決定單獨前往應戰……?

動畫名作「妖精的旋律」原著漫畫堂堂完結!!
角長官毀滅人類的計劃已隨著島一起崩毀。負傷的耕太在他與Nyu初次相遇的海岸等待著露西。這次的再會，即宣告了最後的悲劇正式啟動…。渺小人們的小小心願，現在卻捲入了人類的存亡，迎向空前絕後的結局。本世紀最大的爭議作品，終於邁向 感動最終卷!!

被囚禁的露西從角沢長官那裡聽到了長角一族受到人類的差別待遇、被詛咒的歷史。而長官為了拉攏露西，告知她衝擊性的事實…!?另一方面，握有人類存亡關鍵的荒川，想從快要崩壞的研究所脫逃。然而，卻有一大群充滿殺意的二觭人蠢蠢欲動…!!無法預測的緊急發展，精采萬分!!

科學家•能宗為了抓露西而率領數個二觭人襲擊楓莊。然而，耕太為了保護大家，而被子彈射穿肺部，露西也因此而抓狂，以超乎能宗想像的攻擊力打倒他們。而從瀕死狀態醒來的耕太，竟然恢復了喪失已久的那段禁忌的記憶。他已想起年幼時，妹妹香苗被露西所殺的那段往事…。悲劇…正加速的逼近中!!

總算碰面的土反東和露西＝Nyu進行了決一死戰，最終結果是土反東為了保護真由而喪命。而耕太為了尋探Nyu的行蹤而拜訪了研究室助手荒川，結果反而被尾隨，讓敵方知道了楓莊的所在地。另一方面，長官的刺客•能宗從二觭人的脊髓做出了４個對他的命令絕對服從的真理子複製人。他和複製人們一起出動捉捕露西…!

企圖支配人類的角讓愛女•杏奈接受巨大化的手術，使得她擁有能夠預知未來的特殊能力。角對於這個結果相當高興，但杏奈的表情卻很微妙…。角為了捕捉露西，而派出荒川和謎樣男子。男子以特殊的雷達確認楓莊裡有二觭人，而闖入只有真由和娜娜在的楓莊。殘酷無比的男子將會做出什麼事…？

知道親生女兒真理子是二觭人，而猶豫不決要不要處理掉自己孩子的藏間，與為了逮捕「Nyu」而以最終兵器的身分出動的真理子相遇了。將娜娜和坂東捲入的淒絕戰役的最後結果，藏間和親生女兒•真理子相認了。真理子也終於取回了對父親的愛。然而，藏間卻決定要和真理子一起自爆……最後將會如何演變…？