本作讲述的是这样一个故事：回到王立警察特殊犯罪捜査课的天才搜查官基思（キース・フリック）追寻着某个事件的犯人。该犯人是专门猎杀凶恶犯罪者的连续杀人犯，通称“Killer B”。在犯罪现场必然会刻下的“B”的文字引起了人们的注意和猜测。“B”其实是为了她的留言。“我在这里……”即使是身体变成了异形，黑羽也继续刻下无法传递的思念。基思和黑羽，两个未曾相见的人的命运终于被一个同样的阴谋卷在一起。

人类与魔物之间的大规模战争“人魔战争”终结后数年。前任皇帝驾崩后，虽然帝国皇位持续空缺，但世界总体趋向和平——。人们依靠根源之力“艾尔露”，建立起繁荣的社会。结晶化的“艾尔露”被称作魔核，它作为魔导器的动力源，甚至能制造出对人们生活不可或缺的、保护城镇不受任何威胁的结界。 有一天，在距西宗塔尼亚不远的森林的深处。帝国骑士团奈连小队下属的新人骑士尤利·隆威尔、弗林·西佛，以及他们俩的前辈，双胞胎妹骑士希丝卡和夏丝缇尔正在执行调查“艾尔露”的异常喷出，以及击退因此而出现的魔物的任务。憧憬骑士团，满怀壮志入团的尤利·隆威尔，重视纪律与正义的弗林·西佛，两人是在帝都扎亚斯的平民区一起长大的青梅竹马，时隔数年，在入团仪式上偶然得以重逢。 骑士团的队长奈连在深入调查异常变化的过程中，开始怀疑森林遗迹内存在未知的魔导器。而当他们正在进行探索之时，突然发生了影响西宗塔尼亚一带的大规模异变……尤利和弗林虽然作为骑士团员共同行动，但由于信念的差异而互相争论。了解到帝国黑暗部分的两人，将必须做出贯彻各自“正义”的觉悟……