宇宙世纪U.C. 0077年的破晓起义之后，夏亚引咎退出军校并旅行到地球，遇到一个具有神秘力量的女孩 ─ 拉拉。阿姆罗·雷的父亲，推动RX-78开发项目的提姆·雷遭到米诺夫斯基博士的报复，以此为导火索，U.C. 0078年在月球表面发生了历史上第一场机动战士的正面对决，吉恩以悬殊的12:0大败地球联邦。同年10月24日吉恩共和国发表从联邦独立出来的宣言并改制为吉恩公国，并在U.C. 0079年1月3日正式向地球联邦宣战……

宇宙世纪U.C. 0071年，离开SIDE 3慕佐自治共和国后的第3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在迪亚波罗‧玛斯家中，改名为爱德华·玛斯与塞拉·玛斯，开始过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔爪，悄悄地再次逼近…
此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动战士。

宇宙世纪U.C. 0079年，人类的战场正式进入宇宙。势如破竹的吉翁军发动了不列颠作战，由于在战争中太空殖民基地坠毁在地球，导致超过半数的世界人口死亡。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势，以压倒性的战力向吉恩军发起挑战。扎比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的塞拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连生活在SIDE 7 的阿姆罗和芙劳平稳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌驾驶员的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的“鲁姆会战”即将展开……

宇宙世纪U.C. 0074年。离开德克萨斯殖民卫星的爱德华‧玛斯以夏亚‧阿兹那布尔之名进入吉恩自治共和国的国防军官学校就学。夏亚与同班的扎比家公子卡尔玛成为深交。两人渐渐成为学员中不可忽视的重要人物。U.C. 0077年，一众学员为了争取独立而爆发武装起义，与地球联邦军治安部队展开了激战。而这也是夏亚复仇之路的开端……

宇宙世纪U.C. 0079年1月23日，吉恩与地球联邦间决定性的会战终于在SIDE 5鲁姆爆发。被逼入绝境的吉恩拿出秘密作战计划，通过扎古特别突击大队一举逆转战况。夏亚驾驶着扎古 Ⅱ立下赫赫战功并因此晋升为少校，更获得“红色彗星”的美名。鲁姆会战后，地球联邦军策画了对抗吉恩军的“V作战”。远在 SIDE 7的少年阿姆罗‧雷则无意中发现了“高达”的秘密。另一方面，在地球的南极大陆，吉恩及地球联邦两军间正在进行和平谈判，却从月神二号向全世界发出了某项声明……