Seven years ago, a meteorite struck the Shibuya district of Tokyo. Alien lifeforms known as the Worms, emerged from the meteorite and became a threat to humanity. Ever since, Souji Tendou has been training while waiting for the Kabuto Zecter so that he may properly take up the mantle of Kamen Rider Kabuto. Making many enemies while at the same time meeting other Riders with mysterious origins, Tendou attempts to accomplish his goal at all costs: to destroy all Worms that threaten humanity.

1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，投入戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡過了七年。
2006年，在這個沙漠化的地球上，部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEO ZECT，而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清。就在這時，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現，令戰局產生極大變化。
ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球，於是提出「天空之梯子計劃」，於大氣層的太空站設置巨型CLOCK UP機器，製造轉移空間把彗星拉往地球，製造出莫大的水源。透過這個計劃，ZECT的權力就會越趨龐大，足以支配地球。
ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」，而從天道手上得知這項情報的NEO ZECT，亦決定搶奪這個計劃，壓抑ZECT繼續增大權力。
為了組織而戰的ZECT戰士大和鐵騎與矢車想；
為了自由而戰的NEO ZECT戰士織田秀成和風間大介；
為了最愛的日和而戰的加賀美新，還有目的完全不明的天道總司；
以及身份神秘的黃金假面騎士。
在各人思想交錯的漩渦中，假面騎士的戰鬥已延伸到浩瀚宇宙…

People mysteriously start receiving voicemail messages from their future selves, in the form of the sound of them reacting to their own violent deaths, along with the exact date and time of their future death, listed on the message log. The plot thickens as the surviving characters pursue the answers to this mystery which could save their lives.

拥有超强推理能力的小Q（神木隆之介 饰）在侦探学园学习，梦想是成为一名侦探。与他有相同志向的同学还有，美南惠（志田未来 饰）：拥有过目不忘的能力；天草流（山田凉介 饰）：推理天才，但身份成谜，背后影藏着秘密；鸣泽数马（若叶克实 饰）：电脑高手，收集情报能力强；远山金太郎（要润 饰）：运动强人，热血少年。侦探学园的五人组各自发挥自己的长处密切配合，联手解决了城里不少案件，破了不少谜团，而流背后的故事也随着案件的加深被一一道出。
本剧根据佐藤文也的同名漫画改编，而漫画则改编自天树征丸的小说。二人之前还合作过大人气作品《金田一少年之事件簿》。

In the future, the Japanese government captures a class of ninth-grade students and forces them to kill each other under the revolutionary "Battle Royale" act.