凌晨六點，是早年台灣執行死刑犯槍決的時間，也是他每天被昔日惡夢驚醒的時間。馬沙在片中再次飾演充滿悔意的前科犯，年輕時是個碼頭上詐騙詐賭的小混混，因為仇家對頭樹敵太多，混不下去的他於是轉行改當的私家司機，深愔騙術、擅營形象的他，也因此受到好心富商的賞識和信任，原本以為他會就此改邪歸正，從此步入正途，但沒想到他卻因為一時利慾薰心，設下連環騙局，害得富商傾家蕩產，甚至犯下滔天大罪、被判死刑，這時馬沙終於醒悟了自己過錯，但一切卻為時已晚……。
結合賭片、犯罪、暴力等多重類型元素，導演蔡揚名在《凌晨六點槍聲》中展現了商業通俗與現實觀察兼具的影像特色，影片一開場以鴿群飛越城市上空的迴旋鏡頭，搭配蒼涼男聲的主題配樂，獨樹一格的通俗詩意令人驚豔。曾經紅極一時的武打明星李小飛，當年在片中飾演年輕時偷拐搶騙的小混混，生動自然的流氓痞樣，靈活俐落的動作身手，堪稱台灣影史師奶殺手第一人。

In an attempt to eliminate all possible nationalist fractions, the Ching Emperor (Wong) orders the destruction of the Shaolin Temple - considered the focus of anti-Manchurian resistance. As
the temple burns, the surviving 106 Shaolin disciples vow to penetrate the Imperial Palace and take ultimate revenge on the tyrant

During the Manchurian invasion of China, the son of the Ming Dynasty General takes refuge in the Shaolin Temple to learn martial arts, so that he may seek revenge for his dead father. But he must first endure the rigorous test of the temple's legendary 18 Bronzemen.

清雍正年间，少林寺接连出现离奇命案，数名弟子神秘死亡，少林三十六代和三十七代掌门也相继被害，康熙御赐的墨玉香炉被盗，所有疑点都指向俗家弟子雷鹏飞（黄家达）。雍正帝（江南）欲借题发挥，命玉格格（龙君儿）前往少林逼少林交出盗宝者，现任掌门圆慧（鲁平）只得答应若限期内查不出凶手就焚寺自尽。雷鹏飞在师祖田智（张翼）和女俗家弟子柳芝兰（上官灵凤）的协助下查出了真凶圆慧，但是似乎圆慧背后还有一个人……

方世玉，是新崛起江湖的少年英雄，为人行侠仗义，好打抱不平，很受人称道。神腿高力，是江湖上的游侠，为人豪放，到处以武会友，专找徒负虚名的人较量。
深夜，世玉偷偷潜回家中，卻发现父亲已死，母亲受伤，世玉悲愤不已。次日清晨，世玉来到谭与简的武馆，二人不在，世玉大闹武馆后，又到协和茶楼找二人报仇，谭飞脚、简铁拳将世玉带到荒郊决斗。谭与简号称拳脚无双，世玉不是对手，被打成重伤，危急时刻，小翩带领苗翠花和乡邻赶到，谭、简二人悻悻离去。
曹家庄的曹彪将江重威打伤，强行霸占运栈，从中抽取厚利，压榨善良百姓，并广招人手以防报复。他请了四个江湖上独霸一方的高手：蒙古飞斧手王刚、岭南花花太岁章立武、崆峒派的绝刀施一刀和飞燕卫天冲，而卫天冲是一个少林叛徒，轻功江湖第一，有这四人守在曹彪身边，要击垮曹家庄比登天还难。方世玉决定深入虎穴，借助江重威安插在曹家庄的内线，瓦解曹家庄。
方世玉扮做一名小厮，混入曹家庄做打杂的小伙计（此时的背景音乐很有趣，和“唐伯虎点秋香”中周星驰做小伙计时的音乐一样，不知是不是周星驰也喜欢看这部影片），不料在上街办货时，被高力发现，高力随即也混入曹家庄，经过比试，成为曹家庄的武师。
世玉潜入曹家庄，设计将王刚和施一刀除掉，令曹彪心神不安。而高力时刻接近世玉，欲与世玉一决高低，世玉不肯节外生枝。不久，世玉又将对曹家大小姐垂涎三尺的章立武调出曹家庄，将其击毙。高力则再次逼迫世玉决战，否则将说出他的身份，世玉只得应战。
荒山岗上，方世玉与高力打得难分难解，不分胜负，最后双方均无力再战方得罢手，但由此一战，二人却惺惺相惜，英雄识英雄。世玉欲与高力结为朋友，可高力却说“我不会和你这种人做朋友的，还要为你拼命”，气得世玉大骂高力真是一个十足的小人，高力却哈哈大笑说“做小人总比送命好”。
世玉深夜潜入卫天冲练功的密室，要除掉这个少林叛徒，不料曹彪和高力从暗处走出，原来早有防备，曹亲自动手，用双短刃将世玉刺伤，危急之时，忽然曹家庄失火，曹只得先去救火。密室内，世玉已将卫天冲打得渐渐不支，卫请求高力帮忙，而高力只说了一句“我还不到出手的时候”。世玉将卫天冲慢慢逼到火烛阵旁边，此时高力出手了，却一脚将卫天冲踹进了火烛阵，还对垂死的卫说了句“他是方世玉，我们是朋友”。卫无可奈何，只得含恨死去。
次日，曹彪将庄丁和下人集结在一起，要大家脱下上衣，想找出昨晚受伤的人，岂料每个人的身上都有一道伤口，原来是江重威的内线秦管事用药迷倒众人后所为，但也因此身份暴露，秦为保世玉，拔刀自尽。
经过一连串的事，曹彪已对世玉产生怀疑，他将世玉召进大堂，查问世玉的身份，而世玉见曹彪身边的高手尽皆除去，便直承身份，曹彪虽佩服世玉的胆色和心计，但决心除掉这个心腹大患。曹彪的双短刃功夫独到、很难对付，又有庄丁围攻，世玉边打边退，高力见形势危急，借交手之机暗中助世玉脱身，高力夹在世玉和曹彪中间，使曹的几次攻击尽皆落空，引起曹彪的怀疑。就在高力又冲上来欲助世玉时，曹彪反手一刀，插入高力腹中，高力拼死挡住众庄丁，而世玉也与曹彪展开决斗。激战之中，世玉也被曹彪的双短刃制住，高力见势急忙飞起一脚将曹彪踢开，曹返身持刃又向世玉刺来，高力将世玉推到一边，曹的短刃再次插入高力的腹中，而世玉趁机飞身用双腿夹住曹彪脖颈，出鹤手啄瞎曹彪的双眼。
此时江重威也率领徒众攻入曹家庄，将曹彪乱刃砍死，曹家庄被一举瓦解。而高力已伤重身亡，世玉怀着深深的遗憾和悲痛离开曹家庄。

香港警察顧玲玲為調查好友楊美華的死因，遠赴日本與作家李三郎會面，詢問美華有無遺留下重要物品，但卻未有所悉。不久，日本外事邢警木下與倆人接洽合作，情求協助調查一起私毒品案件，並從刑警口中得知楊美華妹妹楊美鳳的下落。
為此，倆人結伴去楊美華生前工作的夜總會，進行實地查訪，更希望能見到楊美鳳……

A great "swordfighter" learns humility after he is defeated by a master martial arts monk. But his reputation always precedes him, leading to danger, destruction, challenges, cruelty, kidnapping, and killing.