每天拼命在体内搬运氧气的新人红血球。他的职场劳动环境，却是彻底的黑暗（BLACK）——！！饮酒、吸烟、压力、睡眠不足……在如同不健康的综合商社一样的世界中，历经过重劳动的细胞们有何感想？这是你的身体的故事——

对你而言，世界是怎样的呢？获得了打开大门钥匙的2位女主帕皮卡和可可娜：少女与少女相遇，开始了在不同的时间、相异的空间“Pure Illusion”的冒险。在寻找着据说能实现愿望的神秘结晶体“耳之碎片”而游历Pure Illusion的2人面前，出现了各种各样的困难。当2人陷入危机之时，“耳之碎片”发出光芒，而她们因此变身了。（转自百度百科）

Two years have passed since the final battle with Sephiroth. Though Midgar, city of mako, city of prosperity, has been reduced to ruins, its people slowly but steadily walk the road to reconstruction. However, a mysterious illness called Geostigma torments them. With no cure in sight, it brings death to the afflicted, one after another, robbing the people of their fledgling hope.

E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。
而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……