前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!

“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……

远在数百年前「宇宙开拓时代」的时期，人类竞相飞出宇宙扩张领土，「地球」这个人类的发祥地，早已成为一个人们陌生、遗忘的地理名词。艾裴莉（April）、费芙（Feb）、小纯（Jun）、姜倪（Jani）等四个女子是颇负盛名的宇宙海盗，驾乘著一艘拥有神秘性能的太空船Sol-bianca 在宇宙中横行无阻。为了夺回珍贵的「布林特洛克」手枪，Sol-bianca与武力强大的地球军战舰展开一场激战…… 为了探索超文明的宝藏「欧帕兹」，Sol-bianca降落在雷斯艾克拉行星，在这个开拓时代的都市废墟中，竟存在著一个如地球古文学但丁神曲所描述般的地狱--「机械防护罩」，小纯与美佑单独入内寻宝，危机重重。地球军的基特大佐下令炮击「机械防护罩」，不料这个星球却开始发生核融反应，眼看整个行星即将毁灭，却仍然不见小纯与美佑的踪影…… Sol-bianca经过漫长的太空航行停泊在一个小行星的宇宙港，由於这个星球的政府实施治安民营化政策，所以人们为了保护自己只好倚靠金钱或自身的武力。布斯达是个脑部经过强化改造的超能者，为了暗杀这个星球的女总统，趁机抢夺了Sol-bianca太空船，艾裴莉、小纯、费芙等人都成为人质，姜倪为了解救伙伴的性命，只身与布斯达控制的怪兽兵团展开血腥的战斗……

悪・即・斬！！
“戦災”という名のもう一つの戦争――。
戦争があった―。敵対するフロスト共和国との永きに渡る戦乱……。停戦が結ばれて三年の月日が流れたにもかかわらず、国民の困窮はいっこうに解消されてはいなかった。事態を憂慮した軍上層部は、飢餓、疫病、野盗化兵といった“戦災”からの復興を任務とする部隊 ― 陸軍情報部第3課を設立する。帝国の不穏な状況、貧者の反発にも屈せず、貴族の誇りにかけて復興を成し遂げようと日々奮闘するアリス少尉。そして、謎の極秘部隊への所属暦を持つ、驚異的な戦闘能力を有するオーランド伍長。心に深い傷を負う彼は、新たな環境下、仲間たちとの交流を通じて“戦災”と対峙し、自らの進むべき道を模索していく・・・。社会を覆う欺瞞と腐敗の分厚い皮を、切り裂き、中身を暴き出す―。
ゆえに彼らは自らをこう名乗る。｢パンプキン・シザーズ｣と！

高校生の四加一樹は、周りには見えないロボットの幻影が見えるようになり変人扱いされていた。それを知った科学者の真田博士は、四加を研究室に連れてくるように娘の三月に頼む。博士はパラレルワールドを証明しようとしており、怪しげな装置に四加を座らせるが、手違いにより別世界へと転送してしまう。
平行世界に飛ばされた四加は、特定の人間しか操縦できないコアロボット1号機”ハルツィーネン”を巧みに操縦して敵を撃破する。これを知ったこの世界の真田司令長官は四加を呼び出す。四加は元の世界に返して欲しいと頼むが、侵略者との戦争が原因で理論は完成していなかった。
戦争を終わらせて早く帰るため、一緒に平行世界に飛ばされた三月と真田家に居候しつつ、ハルツィーネンを操縦して侵略者と戦うことになるのだが、それはそれとしてドタバタな日常生活が始まる。

MegaTokyo 2033: Tokyo was left flattened as a result from a great earthquake.

A new city, MegaTokyo, was then recreated due in no small part from the aid of a multi-million dollar company, Genom Corp. Genom created and mass-produced biomechanical creatures called Boomers to aid in the restoration of MegaTokyo.

When the Boomers began to run out of control, the ADPolice at first tried to stop them, but they proved to be far more difficult to deal with than was first imagined.

Under the ever looming Boomer threat, a group of four girls from varying degrees of society banded together. Calling themselves The Knight Sabers, they were the only ones with enough firepower and resourcefullness to defend the fledgling MegaTokyo from Genom and it's berserk Boomers.

在遥远的十二号行星阿莫伊上，存在着一个扭曲的社会。这个社会由巨型电脑朱庇特所掌控。为了净化基因，人类被放逐了，一般的生育方式被彻底抛弃，朱庇特通过直接操控基因的方式，制造出了一大群更加完美的生物体，他们美丽，强壮，聪明，但冷酷无情、野心勃勃。这群所谓的“超人类”成为了普 通人类的统治者，他们通过发色来区分等级，其中，黑发和金发，分别处于等级的最底层和最高层。
在首都塔拉古纳，有一群被称之为“宠物”的低等居民。他们被豢养、玩弄，每天都生活在没有尊严的纸醉金迷中。里奇（关俊彦 配音）就是其中的一员，但也是特殊的一员，黑发的他属于底层居民，而他金发的主人雷森（盐泽兼人 配音）却是朱庇特最喜欢的“孩子”。其实，他们的感情早已远远超出了正常的宠物与主人之间的界限，然而，在朱庇特看来，这样跨越阶级和种族的感情是绝对不允许发生的。这一对禁断的恋人会有一个好的结果吗？在绝对的统治之下，所有的一切都显得那样渺小。

故事发生在一颗名为阿莫伊的遥远行星上，在这里，所有的一切都被掌控在一台名为朱庇特的超级计算机手中。为了培育出更优秀的“孩子”，朱皮特直接操控基因，于是，一批金发白肤的“社会精英”们被创造出来成为了人类的管理者，他们虽然强悍，但各个冷酷无情。
生存的空间被尽数夺去，人类只能如同蝼蚁般的活在贫民窟之中，靠着武力和集结帮派争夺着为数不多的资源，里奇（伊藤健太郎 配音）就是其中的一员。一次偶然中，里奇遇见了名为伊亚索（大川透 配音）的男人，伊亚索完美的相貌和耀眼的金发向里奇昭示了两人阶级之间的巨大差距，可就是这样的两个绝对不可能在一起的人之间，竟然发展出了一段充满了纠葛的感情。

故事描述在称为布雷斯提尔的世界，名为“吉尔多”的巨大组织独霸了航空技术，企图利用手中强大的科技力量控制世界。这个世界的两大国家安纳托雷和度西斯处于交战状态，为了争夺霸权，两国都委托吉尔多设计空中战舰，并且由吉尔多统一提供引擎。两名拥有一艘Oneship的飞行员克劳斯·沃克和拉维·海特，他们经营空运业务。两人在一次飞行器事故中救了名叫做艾尔维斯·汉密尔顿的少女，并且将她送往空中战舰西耶瓦那，从而卷入到悠关世界存亡的大战中去......