无法忘记在刑务所的落语慰问会中见到的大名人·八云的“死神”，出狱的与太郎径直前往寄席。拜倒在八云面前，成为他住所的雇工以及弟子，磨炼了技艺的与太郎终于升进成为真打。他所继承的名号是第三代助六。为了八云师父，为了小夏，为了改变两人心中的助六，与太郎所找到的自己的落语是……

Police officers around Tokyo are being murdered by an unknown assailant. When Ran witnesses an attempt on the life of one of her friends in the police, she loses her memory. Now, Conan and Inspector Megure must find the murderer while Ran attempts to regain her lost memories.

作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开，虽然萌绘并不是犀川研究室的成员，但参与了该研究室此次的研讨旅行，地点定在了妃真加岛。随后，在萌绘的提议下，犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所，然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机，之后又连续发生杀人事件，被卷入其中的两人一同解决充满谜团的连环凶杀案……

在埃及与宿敌DIO的死斗之后过了11年。1999年，空条承太郎为了与祖父乔瑟夫·乔斯达的私生子东方仗助见面，而来到了日本M县S市杜王町。但，仗助却持有与承太郎相同的特殊能力“替身”。之后，以承太郎的来访为开端，仿佛被吸引一般，新的“替身使”们开始行动。“这座城镇存在着什么……”为了守护养育了自己的杜王町，仗助挺身而出。

Rune Ballot is a down-and-out teen prostitute in Mardock City. One day, she's picked up by an ambitious casino manager named Shell who gives her everything she could want. Renewed by a false innocence, a false past, and now the false life Shell has given her, Ballot feels grateful. However, she can't help but be curious about why he's done so much for her, so she does some research about his past on a computer. This turns out to be a mistake which will change her life greatly. When Shell finds out what she's done, he attempts to burn her to death by blowing up her car.

随着“地狱之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”行动的虚假星空。“契约者”是接触了“地狱之门”里的物质后，获得超能力的人。作为被选中的人群，他们冷酷、无情，让人充满畏惧与疑惑。各种神秘组织为了自身利益，利用契约者的超能力展开混战。
本来不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违背自己的意志加入战斗，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在神秘事件后妹妹也失去踪迹。愤怒的黑终于成为真正的契约者，被人称为黑色死神，被诅咒的契约者。
在执行组织任务中黑再次遇到琥珀，而琥珀的言行愈加充满神秘，似乎背叛之下有着许多难言之隐。为了找到妹妹，黑追踪着琥珀，渐渐的看到混战背后更大的秘密。黑能否找到妹妹呢？他该为自己和契约者的命运做出怎样的抉择？

鲁路修本是帝国的王子，在母后遇害后，和失明的妹妹一起被流放到11区（原日本国）作为人质。在那里他们结识了日本王子朱雀，三人共同度过一段美好的童年时光。帝国最终全面攻陷了11区，鲁路修和妹妹的安宁生活再次被剥夺，朱雀和他们也分散了。
鲁路修和妹妹隐瞒身份，过着看似平凡的学生生活。然而鲁路修心中对于帝国的仇恨却未停止。他希望摧毁帝国，为妹妹营造一个可以快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C的出现变得不再遥不可及。
此时朱雀也再次出现在他们的生活中，然而残酷的现实让童年的挚友难以重温童年往事。这里没有正义和邪恶，黑暗与光明，有的仅仅是艰难的抉择和难以预料的明天。