公元2029年。虽然企业网络已覆盖全球，并且通过电子和光纤通讯竞相传播信息，但近未来的日本依然处于国家和种族尚未消失的信息时代。改造人草薙素子指挥着一支包括巴特在内的精英部队，她希望建立一个专门预防犯罪的特殊部队。总务省的荒卷大辅也有类似的计划，于是招募了草薙素子及其团队。草薙素子和她的团队以“攻壳机动队”——公安九课的攻击利器——的身份开始行动。在调查某个案件的过程中，他们在调查错综复杂的国际网络犯罪时，一个神秘的黑客“傀儡师”浮出水面。草薙素子将面临怎样的命运？傀儡师的真正目的又是什么？一个全新的赛博朋克动作时代就此拉开帷幕！