夜幕已重，在城市某街角的餐馆门口亮起了灯。没人知道它开了多久，但所有不曾被生活善待的人，都愿意去那里暖胃“疗伤”。
《深夜食堂》讲述了发生在一家只在深夜营业小餐馆里的故事。这里的菜单平淡无奇，只有猪肉味增汤定食，但是老板可以根据客人的要求利用现有食材做出各式料理。
在这家深夜食堂，客人还真不少：酒吧店老板、黑帮大哥、疲惫的公司职员、大龄单身闺蜜档、不知名的独立歌手……在这里，温情暖心的故事每晚都在上演。

本剧采用改编手法，以台湾知名法医杨日松一生真实案件作为串接，叙述终身奉献台湾法医志业、不求名利但求正义的法医杨百川(剧中名)，及其周遭同样从事于第一线法网工作的挚友、长官及学生，所共同面临的刑事案件挑战，与伴随而来人生悲欢、时代变迁，是一部题材特殊且富社会意义的传记式警匪推理剧集

浩远(黄远 饰)是个好学生，人生中只有两件事情让他不满：女友阿丁不跟他上床，爸爸欠了地下钱庄一屁股债。洪仔(巫建和 饰)是个坏学生，浩远认识洪仔的当天，洪仔便拿著玩具枪跑去抢银行。洪仔出狱之後两人成为无间的搭档，两人一起帮助同学脱离毒品深渊，一起揭发讨厌老师的真面目，一起经历友谊，经历爱情，甚至一起寻找因为世界末日而消失的蜜蜂。后来，他们才发现，原来两人曲折的命运，全都源自于议员洪德福与他的地下钱庄。于是，他们弄到了一把枪，准备在毕业前爆炸……