艾斯卡与罗吉工作室炼金术师全集动画讲述的是在一个迎接了无数次黄昏，渐渐迈向终焉的世界。以位于「黄昏大地」之遥远西方，在过去曾经存在着以炼金术而繁荣的国家的地方为舞台，由称为「中央」的都市派遣而来的青年，与生长在这边境小城的少女，相约要一同为所属的开发班奉献心力。

结城理和特别课外活动部（S.E.E.S.）在旅馆打倒其中一个大型阴影，之后他们到海滩游玩并且第一次遇上一位神秘的人型机械少女……

三國時期(西元 234 年春天)諸葛孔明第五次出兵討伐曹魏，蜀魏雙方的軍隊對峙百餘天之後，病重彌留之際的孔明突然轉生至現代的東京澀谷，時值萬聖節，看見一大羣奇裝異服的日本年輕人，孔明相信自己以年輕的模樣來到了地獄，他無意間聽見沒沒無聞卻依舊堅持歌唱的月見英子的歌聲，令他感動落淚，於是自告奮勇輔佐她，運用他的軍事與治世的才能讓她的歌聲被全世界的人聽見！

曙光市，一个跟大部分城镇一样的城市，却因为不明原因被魔物军团邪碍者所盯上。在魔物一向如常的在曙光市商店街破坏时，新任刑警鸣神剑二遇上了一个把魔物击退的魔弹战士 龙枪王，并从商店街的居民口中得知关于其魔物以及负责对付他们的组织SHOT的存在。接着在商店街出现了一头强力的巨大魔物，而在因勇气推动而和这魔物对抗的剑二面前，击龙剑从天而降，并选上剑二，让他成为魔弹剑士-龙剑道击败魔物。自此以后，剑二以及SHOT成员共同对抗邪碍者的故事便展开了。