1969年，人类获得了名为科学的伟大之力。一方面，为了破坏而进行军备扩充，另一方面，为了生产而迈进经济发展，人类处于矛盾之中。就像抓住了其矛盾般，未知的敌人“侵略者”出现了。为了对抗侵略者，人类在背地秘密组成了地球防卫机构AEGIS。在联合国的指挥下，他们作为地球防卫的最后防线，集结了一群拥有特殊能力的战士“捍卫者”。

一天，极其平凡的高中生浮矢瞬，其沉睡中的捍卫者能力被AEGIS发现了。然后，她被任命为特殊游击队队长。在少年的能力苏醒之时，新的战斗故事开始了。

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。

即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。

火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗……

本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相......

无数的光芒闪耀着五颜六色，浮游在空中的无重力空间——“知识之箱”。 那里有着众多的世界、众多的时间、众多的人。 杜娅尔和多萝茜两人在那里与敌人战斗着。 敌人，那是侵食世界的存在——病毒。 被病毒污染的世界，非得消除掉不可。 这就是她们的任务、她们的工作。 在某个时刻，杜娅尔和多萝茜感知到了新的病毒的出现。 在那里，有一位被病毒袭击的少女。 将少女救出来的两人，静静地等待着她醒过来。 少女是什么人——来自何方，去往何处。 不久后，少女醒了过来。 这位少女自称为“莉莫”，不断低语着一句话——。