阳光突然强烈，气温急剧升高，新宿陷入异常的热浪中。诡异的黑人姆卡拉出现，其巨大的破坏力竟为五人所不能敌，而且，他竟然拥有与辽的白色盔甲相同的黑色辉煌帝！五人欲以白色盔甲应对，但伸因仿佛感觉到了什么而犹豫，导致辽和征士被黑色盔甲带走。辽、征士的不知所踪，伸与秀、当麻打架而出走、迷失，一直以来同生死共患难的他们，遇到了前所未有的危机……在非洲原始部落神秘美丽的土地上，他们将第一次发现，被人类当做保护神数千年的的盔甲的真实面目；并以最纯洁高尚的心，粉碎了全部的盔甲。

E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。 　　而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……