"Never lose that strength or nobility, even when you grow up." When Utena was just a child and in the depths of sorrow, she found salvation in those words. They were the words of a prince, who wrapped her in his rose-scented embrace and bestowed upon her both a ring and the promise that it would lead her to him again. She never forgot the encounter. In fact, she was so impressed that she aspired to be like the prince and also help those in need.

此為TV版動畫第三部，從1997年4月4日至1997年9月26日放映，全26話。
此作完全脫離原作，為動畫原創故事，原創的角色也很多。由於是動畫原創，部分設定和原作設定相矛盾，並且原本的主角：莉娜等人的存在變成了半個旁觀者。故事走向太過於沉重路線，和原作原本的作風相距甚遠，所以沒有受到與前二作相等的評價。

　 在远古的时代，宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明，正如光与影永远是相互矛盾的，两个文明也长年处于战争之中，代表黑暗的文明为了取得胜利，就制造了一种高科技的战舰，这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时空的能力，而且，还拥有自己的思想。然而，这种战舰却会把驾驶者作为自己的食粮，以此来增强自己的力量。这种黑色的战舰就像魔鬼一样，会把敌人彻底毁灭，但同时也会吞噬驾驶员的生命。而在同一时间，为了对抗敌人的黑色战舰，代表光明的文明也创造了一艘白色战舰与黑色战舰抗衡。后来，两个文明都原因不明地消失了，而那些战舰却依然存在在宇宙的某个角落里，新时代的人为他们起了个名字——遗失战舰（LostShips）
　　由于将精神力变换为能量的[精神物理学]的发达，产生了超越光速技术的遥远未来。主人公阿ken（肯恩·布鲁利勃/kane）在这个世界里解决着发生的各种各样的事故，这种工作称之为「TROUBLE CONTRACTOR」(麻烦终结者简称T.C）。
　　阿ken（kane）的伙伴是卡兰（卡娜露·威尔福德）Canal），表面上是人类，实际上是神剑勇者号（索德布雷加）的主电脑的立体投射映像。性格很~~可怕的，阿ken（kane）因为惹她生气而被扔出宇宙船（在宇宙中啊……生命啊）作为报复;;
　　另一个伙伴是想成为“宇宙第一”的美妮（米蕾妮安·菲莉亚·诺克丹/Mill），原来美妮（mill）是个侦探，因为阿ken（kane）的关系被解雇，也成为了T.C。美妮（mill）的枪法和料理都非常好……就是料理的时候厨房会遭殃……
　　以上三个人(?)与宇宙中名为「恶梦军团」的犯罪组织的对抗的故事。

坂井悠二的高中生活刚刚开始，本将一直持续的平凡生活却因为一次偶然而发生了剧变。
回家途中，商店街的时空突然停止，这封闭空间中所有人的灵魂都被魔物吸去。而手持日本刀与魔物战斗的灼眼红发美少女，告诉了悠二惊人的真相“你已经死了，现在的你只不过是以另一种形态活着。”
接受了这个事实的悠二决定与这位灼眼红发美少女一起为世界而战，并以少女的武器名来称呼她为“夏娜”。为了世界的未来，夏娜被卷入了一次又一次的战斗之中，二人的羁绊就此展开。