巨大文明產業崩解後的一千年，大地表被一片蟲類的甲蟲所覆蓋。海洋腐敗，「腐海」散發瘴氣的菌類森林不斷漫延，威脅人類已經衰退的生存空間。某天，多魯美奇亞的軍隊入侵，妄想消滅這片「腐海」。為了守護「風之谷」這塊從小生長的地方，娜烏西卡挺身而出……