柳生新阴流的门派秘宝“柳生武艺帐”分为两卷，一卷“水月之卷”保存于江户柳生道场，另一卷“浮舟之卷”则流落于江湖不知去向。江湖传闻只要将两卷合一，便能知晓柳生武艺帐所隐藏的天大秘密！面对各方势力都觊觎这两卷神秘卷轴的严峻复杂形势，柳生十兵卫能力挽狂澜吗？

作为芥川奖作家却以独特风格著称的剑豪作家五味康祐的同名杰作小说《柳生武艺帐》被完全电影化的系列第二部。本片以德川三代将军家剑术指导、天下闻名的柳生家所传承的《柳生武艺帐》中的“水月”与“浮舟”两卷秘笈为线索展开。在这部秘笈中，隐藏着引发天下纷争的根源。围绕这部秘笈的争夺，幕府要职暗中活动，柳生新阴流与疋田阴流之间展开了血雨腥风的惨烈死斗。影片描绘了挥舞正义之烈剑的柳生十兵卫波澜壮阔的传奇故事。