未来世界，人类首次和外星生命体伽米拉斯实现沟通，但是对方表现出强烈的敌意，向地球发起猛烈攻击。在第二次火星星际大战后，地球人虽然勉强取得胜利，可是伽米拉斯以冥王星为据点，随时向地球发射流星爆弹。经过长达八年的荼毒，如今地球已经变成荒芜且充满和辐射和毒气的红色死亡星球，人类行将灭亡。在此危亡时刻，名为＂大和计划＂的行动秘密展开。2199年，地球人在位于麦哲伦星云的伊斯坎达尔星人的帮助下，掌握了时间翘曲的先进技术，并将之融入地球最后的希望——宇宙战舰大和号上。
在冲田司令的率领下，古代进、岛大介、森雪等一腔热血的地球战士登上大和号，朝着宇宙的深处挺进……

公元2220年，曾经为了保护地球和人类的大和号已在水瓶之海中沉睡了17年之久。而经历了较长一段和平时期的地球，却正面临最大的危机。一个代号为“小瀑布”的黑洞以极快的速度向太阳系靠近，人类赖以生存的蓝色星球行将湮灭。为了寻得一线生机，人类开始实行浩大的移民计划，借助运输船的帮助，人们分批向塞拉姆星系的阿马尔移民。然而在这一过程中，运输船被星际国家联盟的外星生命视作侵略者，继而遭到毁灭性的打击，古代进的妻子阿雪也在最近一次护航行动中失踪。离地球毁灭不足一个月，古代进临危受命成为第三次移民团的护航舰队总司令，全新的大和号也在这次移民中复活登场……
本片根据松本零士的同名原著改编。