2021年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的自由移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家、政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。为了在人力资源不足的情况下抓捕罪犯，有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，“赏金猎人”这个职业也就由此诞生了。
史派克（Spike）和杰特（Jet）是驾驶飞船Bebop号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲（Faye）和电脑神童艾德（Ed），并收养了拥有高智商的数据狗爱因（Ein）。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。

故事发生在平成学园中，藤卷骏（阪口大助 配音）是一位刚刚升上国中一年级的校园新鲜人，令人意外的加入了一直以来门可罗雀几近倒闭的男子体操社。藤卷骏的心中充满了对于体操的热情和喜爱，甚至喊出了希望夺取奥运会金牌的惊人口号，然而，空有着一腔热情的藤卷骏对于体操却是一窍不通，这样的他真的能够实现自己的梦想吗？
刚刚加入社团没多久，藤卷骏居然就被派出参加比赛，毫无经验的他自然闹出了不少的笑话，然而，男子体操部的经理相乐真理子（松本梨香 配音）却在藤卷骏的身上看到了闪光点，她相信，藤卷骏那句惊人的口号并非突发奇想。

《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。
决斗者王国篇
一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。
战斗城市前篇
决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。
乃亚篇（动画原创）
战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。
战斗城市后篇
战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。
多玛篇（动画原创）
战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。
海马集团大赛篇（动画原创）
多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。
王之记忆篇
为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。
共有224集。

出生在通灵世家的麻仓叶（佐藤佑子 配音），从小就被爷爷教导成为了一名通灵人。通灵人，即可以和神、精灵乃至往生者自由沟通，且借由这些神灵的能力来治疗或是破坏。这种能力被很多人所渴望拥有。从爷爷那，叶得知如果能从通灵王大赛中脱颖而出并胜出，即能得到精灵王，从而实现自己的任何愿望。一直信奉“船到桥头自然直”的叶也立下了志愿，朝着通灵王之路前进。
为了寻找自己的持有灵，叶转学来到了踏张之丘，认识了小山田万太（犬山犬子 配音），并迅速和他成为了朋友。后又结识了同样志向成为通灵王的木刀之龙（田中正彦 配音）。因一次意外，叶得到了他的持有灵——600年前的武士阿弥陀丸（小西克幸 配音）。因而正式踏上了通力王之路。随后叶的未婚妻恐山安娜（林原惠美 配音）等也悉数登场。通灵王比赛也日渐来临……

神崎瞳（坂本真绫 配音）是一位平凡的十五岁高中女孩，她喜欢着田径队的学长天野，却又没有勇气将自己的心意告诉他。某日，瞳意外得知天野一家人即将移民，这也就意味着，瞳将再也无法见到学长了。与此同时，奇怪的场景和幻想接二连三的出现在了瞳的梦中，这真实的场面让瞳感到十分困扰。
在一个神秘声音的指引之下，瞳来到了异世界盖亚，现身于龙之铠甲艾斯嘉科尼之中。原来，瞳的真实身份是“羽翼之神”，亦是唯一能够拯救同黑龙族陷入战争的盖亚之所在。肩负着巨大的压力，瞳这才感受到生命的沉重，她同龙族的年轻国王邦（关智一 配音）并肩作战，誓要保护盖亚这片纯洁的土地。

被称之为「蓝色城区」的未来城市－－在那里，有个每到晚上就停电而被黑暗笼罩的城镇－－「夜之镇」。
夜之镇的少年真田叶直一直在一个叫做须蜂贺运送的快递公司打工。有一天，叶直接触了一件昂贵的货物，一个被称之为「GAD'」的神秘物质。之后，「GAD」自我分裂，吞噬了周遭的金属物，变成了一个巨大的人形机器「铁钢人闪电」。从那天以后，叶直的面前便出现了许多其他的铁钢人操纵者。使用铁钢人「零」进行大肆破坏的刃，与铁钢人「米萨舒米特」一起寻找同伴的上流阶层的女孩爱子，与铁刚人「雷电」一起行动的正义少年拓弥。虽然他们都在使用铁钢人，但是他们的想法却大相径庭。总喜欢寻找危险的人，想要和同伴接触的人，为了正义而战的人。大家有着不同的烦恼，但叶直已经捲入了铁钢人的事件以及要和那些同样拥有巨大人形机器的人们的战斗中。「GAD」，也就是铁钢人，为什么要在他们面前出现？这些拥有铁钢人的少年们的命运齿轮，已经开始转动了…

12年前、突如日本に出現した謎の生命体「ヘテロダイン」。ヘテロダインに対しては軍による総攻撃も意味を成さず、最終的にOE兵器の使用という惨事をもたらして、事件は終結した。
それを撃退する為に国連安全保障軍（安保軍）が建造したスーパーロボット「ダイ・ガード」は、事件後に制定された『界震災害関連法』に基づき、安保軍の対ヘテロダイン部隊が民営化され同軍が筆頭株主であり対ヘテロダイン対策を主目的とする民間の警備会社「21世紀警備保障」に移管されたが、その後 12年間ヘテロダインが現れなかった事から「無用の長物」と化し、ダイ・ガードの維持管理も総務部の「広報2課」が広報活動の一環として行っていた。
西暦2030年のとある秋の日、熱海に突如としてヘテロダインが出現。現場に居合わせたダイ・ガードのパイロットにして21世紀警備保障の社員である赤木は、避難命令を無視してダイ・ガードを動かし、災害支援に出動する。

故事发生在数百年后的公元25世纪，那时，人类的居所早已不在仅限于地球，越来越多的空间跳跃门连接着各式各样的行星。在科技和运输正在高速发展的同时，以经济贸易为幌子的罪恶行径也在滋生，因此而引发的行星之间的战争从未间断。因此，一个维护宇宙秩序的组织“宇宙行星联合会”成立了。 在联合会中，有一个秘密的小分队，人们称之为ES member，队员们在身怀绝技的同时，也有着过人的智商和勇气。
性格开朗的艾克蕾尔（永田亮子 配音）就是秘密小队中的一员，她以其卓越的力量和速度成为了小队中的中坚分子。作为艾克蕾尔的搭档，琉米爱尔（平野绫 配音）虽然有着娇小的体型，但她特有的能力是其他人所无法替代的。站在她们敌对方的，是那些在宇宙中臭名昭著的诈骗犯和恐怖分子，这两个柔弱的女孩能够顺利完成她们的任务吗？

已经是第二次报考东大的景太郎（上田佑司 配音）又失败了，而他记忆中的青梅竹马此刻或许就在东大里等待着他来完成童年的约定。因此，景太郎的第三次东大征程决定了。由于家人的反对，景太郎忍痛离家出走。景太郎的外婆经营着一家名叫“雏田庄”的旅馆，这就是景太郎此次投奔的目的地，但是他不知道，此时的雏田庄已经成为了女生专用的宿舍，而他的第一次光临，就撞见了一丝不挂的住宿生成奈川奈留（堀江由衣 配音），从而引出了一个有笑有泪的爱情故事。
在莫名其妙的状况下，景太郎成为了雏田庄的主人，而他所要面对的，是数十个“如狼似虎”的年轻女性。在应付她们的同时，景太郎还要保证自己“东大学生”的伪装不被拆穿，景太郎觉得，他和那个在东大等他的女孩之间的距离似乎越来越远了……

自幼向往成为消防员的青年朝比奈大吾（高木涉 配音），经过层层严苛的选拔终于成为千国市消防局的一名战士。在某商场火灾中，大吾不顾上级指示，将受困者从半空扔到安全气囊之上，虽然成功救出所有受困者，但他胆大妄为的冒险举动也遭到许多人尤其是《阳光日报》记者丘野（内田直哉 配音）的口诛笔伐，大吾因此遭到闭门思过的处罚。在此期间，落合老师（井上喜久子 配音）表达了希望他放弃这项危险职业的愿望，然而他却无法离开这个救死扶伤的工作。大大小小火灾不断发生，大吾奋不顾身一次次冲入火场，只为救出更多的生命……
本片根据曾田正人的同名原作改编，是漫画杂志《少年Sunday》创刊四十周年纪念作品。

UN社と合併したシルバーキャッスルはオーナーが交代、ギャレットら新メンバーによるラフプレーが横行し、オリジナルメンバーは最後の見せ場にだけ起用されるなど、脇に追いやられる状態となっていた。そんな状況になっても沈黙を続けるマグナムエースに対し、マッハウィンディは本物のシルバーキャッスル結成を宣言、志を共にするリーガーを求めチームを離脱するのであった。