达拉克帝国是一个完全只有男人的国家，而美洁尔则是个百分之百的女人国，两边长期以来就互相仇视、战火连连。渡海响是一名机械工，在达拉克帝国中属于地位卑微的三等国民阶级，原本潜入「雷号舰」盗取「蛮型机」机械人只是为了面子，不料却碰上美洁尔女人国来袭而被卷入战争中，从此改变了他的命运……

主人公火乃香，她是专门负责在危机四伏的沙漠中为人护航的的17岁少女。她是一个在沙漠边境生活的剑客，她是精通神业的拔刀术师，在这个火枪发达的世界却仍然使用自己的爱刀的一个缺乏时代感的少女。

在经历了被称为“大战”的大破坏之後，世界的大半部分被沙漠所覆盖。人类的生活圈子大幅度地减少，世界被称为天宙眼——额头上拥有第3颗红色眼睛的超人类The Third所支配。在环境残酷的沙漠之中，生活著一个坚强的少女……她的名字叫做：火乃香。在一次沙漠护航中，她和一个金发绿眼的男子相遇，命运的齿轮开始转动……

事以IS学园内部遭受不明入侵为开端，将讲述潜藏在男主角内心深处的真实愿望。

由优莱卡创建的珊瑚岩（类似珊瑚的信息生命形式）中的虚拟世界。自从虚拟世界的人民随着崩坏出现在这个地球上以来，十年已经过去了。因为这种“大融合”，虚拟世界中的人类称自己为“绿色地球”，旧地球上的人类自称为“蓝色地球”，各种碰撞将在水面下不断重复。绿色地球军的高级官员杜威·诺瓦克和他的同事一起策划，为保护他们的尊严，最终实施了一项大规模的恐怖主义计划。

《劇場短編マクロスF ～時の迷宮～》是一部完全新作的短篇故事。故事发生在超时空世界，主要围绕着超时空偶像“兰卡·李”展开。她在巡回演唱会期间，偶然来到了被称为“灵魂之井”的神殿遗迹。这个遗迹据说是由原始文明留下的，是一个神秘的空间，可以与神明和已故之人交流。此外，由菅野洋子制作的最新歌曲“时の迷宮”再次将我们带入了这个超时空的世界。