1999年，传说中的地球末日。母亲的逝世，让司狼神威（铃村健一 配音）回到了阔别6年之久的东京，与当初青梅竹马的兄妹俩桃生封真（成田剑 配音）和桃生小鸟（岩男润子 配音）重逢。而这段重逢开启了一段命运的大门。这段命定的重逢关系着地球的安危和人类的未来。而神威则是一切的关键，是两大敌对势力“天之龙”与“地之龙”所争夺的对象。对于世界会变成怎样，神威并不在乎。但小鸟和封真已卷入了这场世纪的争斗，为了守护心爱的两个人，神威最终选择了“天之龙”，捍卫地球和人类，而封真则站在了他的对立面。一场命运之战就此拉开序幕，无数人卷入其中，死亡变的触手可及，而一切却已无法阻止……

故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。

在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，

小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!

在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。