从很小的时候起，在母亲的引导和教导下，有马公生（花江夏树 配音）便将成为优秀的钢琴师当做了自己的毕生理想，一路走来，亦斩获了不少佳绩。不幸的是，在11岁那年，有马的母亲去世了，而有马亦再也无法听见自己所演奏的琴声，如此一来，他同自己最初的梦想渐行渐远。
在念初三那年，一位名叫宫园薰（种田梨沙 配音）的女生出现在了有马的身边，薰演奏的乐器是小提琴。很快，有马便被薰身上所散发出来的才情和热情所吸引了。让有马没有想到的是，薰竟然指定有马成为她比赛中的伴奏，在薰的影响下，有马渐渐重燃了对于钢琴的热爱，他和薰之间的距离也因此越来越近。

故事讲述了青梅竹马之间、学生会长与不良少女之间、前辈与后辈之间、同学之间等多种不同角色的恋爱群像剧。

在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老师身体的“妖之种”，在藤原家的庭院中，一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师，竟然分裂成了3个——！？

精灵——是一种化身为纯洁无暇的少女形态的异世界生物。但是，与惹人怜爱的外表不同的是，她们还是拥有强大力量的可怕存在。要想让她们失去战斗力，只有两个办法。一是使用武力歼灭她们，二是——和她们约会，让她们春心荡漾。

就读于来禅高中的普通高中生五河士道，自从邂逅了精灵“十香”后就掌握了“封印精灵力量”的方法。精灵们虽然拥有强大战斗力，但是却被别人厌恶、惧怕。她们一直孤独地战斗在死亡的世界中。全世界唯一有能力封印精灵的士道为了拯救她们，带着赴死之心与美丽的精灵们的进行战斗（约会）——想要歼灭精灵的人，想要拯救精灵的人，心怀憎恨的人，想要利用她们的人。在各种各样的目的交错中，真正威胁世界的人从黑暗深处现身了。士道终于知道了自己真正的身份，急速发展的故事就这样即将走向结局。

午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事……
《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。